Семинар "Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности", 16 мая 2023 г.

Продолжает свою работу семинар "Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности". Следующее заседание семинара пройдет 16 мая (c 16:20) в смешанном формате: в форме вебинара на платформе Zoom и в большом конференц-зале на 3-м этаже в НИВЦ МГУ (http://agora.guru.ru/display.php?conf=sct&page=place).

Для участия в семинаре просим Вас заполнить форму:
https://forms.yandex.ru/u/645cb773eb61466acb04520e/

На указанный Вами адрес электронной почты впоследствии придёт ссылка на Zoom-конференцию. Инструкции по установке и использованию платформы Zoom доступны, например, здесь: https://support.zoom.us/hc/ru/articles/201362033-Начало-работы-на-ПК-и-Mac

Если Вы планируете очно участвовать в работе семинара и у Вас нет пропуска в НИВЦ МГУ, необходимо заранее заполнить форму.

Программа семинара

Головин А.В., д.х.н., Злобин А.С., Беляева Ю.Д., Маслова В.Д.
Факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ

"Вычислительный дизайн фермента в фреймворке антитела в суперкомпьютерной среде"

Целью проекта является разработка антитела, способного гидролизовать RBD домен S-белка. Такая задача потребует значительных вычислительных ресурсов для отбора кандидатных вариантов из результатов дизайна на основе машинного обучения. В случае успеха проекта разработанный подход можно будет применить как против новых штаммов вируса SARS-Cov-2, так и против других опасных вирусов. Мы выделили места в RBD домене спайк белка короновируса, внесение разреза в цепи в которых приведет к значительному изменению структуры RBD домена и, таким образом, значительно может уменьшить аффинность S-белка к АСЕ-2 рецептору. Для проектирования абзима мы используем информацию о всех известных архитектурах протеолитических активных центров и всех известных структур антител. Массовое сканирование вариантов современными быстрыми методами моделирования реакций позволило ранжировать конструкты и отобрать несколько вариантов для экспериментальной проверки.
Результаты настоящего проекта позволят внести существенный вклад в развитие перспективной области инженерии ферментов, и, при успешной реализации, будет предложено каталитическое антитело, востребованное для борьбы с инфекцией.

Программа, дополнительная информация о докладах, списки литературы:
http://agora.guru.ru/display.php?conf=sct&page=item001
Сайт семинара: http://agora.guru.ru/sct