• Научно-исследовательский
    вычислительный центр
    Московского государственного
    университета имени М. В. Ломоносова

    Алексей Владимирович Сулимов защитил диссертацию

  • Алексей Владимирович Сулимов окончил факультет вычислительной математики и кибернетики МГУ имени М.В. Ломоносова по специальности «Прикладная математика и информатика» в 2002 году. C 1 февраля 2014 года работает в НИВЦ в лаборатории Вычислительных систем и прикладных технологий программирования в должности ведущего программиста.

    Алексей Владимирович 9 июня 2022 года успешно защитил (21 – за, 0 – против, недействительных – нет) диссертацию на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 1.1.10 – «Биомеханика и биоинженерия» на диссертационном совете МГУ.01.04 (Физический факультет МГУ, Председатель совета проф. Всеволод Александрович Твердислов). Тема диссертации: «Молекулярный докинг: математические модели, суперкомпьютерная реализация и их применение для разработки лекарств». Руководитель: доктор физико-математических наук, профессор, академик Евгений Евгеньевич Тыртышников.

    В диссертации разработана методика суперкомпьютерного виртуального скрининга больших баз данных низкомолекулярных соединений, с использованием докинга и квантовой химии для выявления кандидатов в ингибиторы терапевтических белков-мишеней – основы новых лекарств; с помощью этой методики найдены соединения, подавляющие репликацию в культуре клеток коронавируса, вызвавшего пандемию COVID-19, – важный шаг на пути создания противовирусного лекарство прямого действия на коронавирус; разработан суперкомпьютерный программный комплекс SOL-P, осуществляющий докинг молекулы-лиганда в белок  с использованием метода глобальной оптимизации, основанного на разложении многомерных массивов в тензорные поезда; SOL-P позволяет осуществлять докинг очень гибких лигандов и учитывать подвижность атомов белка

    Алексеем Владимировичем накоплен большой практический опыт разработки и тестирования программ докинга и их применению для поиска ингибиторов заданных белков-мишеней. Он успешно передает этот опыт молодым сотрудникам, студентам и аспирантам, в том числе в течение многих лет руководит выполнением студентами Физического факультета МГУ лабораторных работ по докингу.